1 an, c'est le chiffre passé depuis tellement d’événement. En Kanto, surplombant le Mont Argenté, Red, le plus fort dresseur de cette Région, semble avoir réussi à dompter un Pokémon bien torturé, Mewtwo, le cloné. Red eu réussi à gagner sa confiance, mais sont-ils vraiment si proche que cela? Entourée de trois éléments, Blue qui avait autrefois choisi Sulfura, Artikodin et Electhor se retrouve dorénavant à devoir choisir l'un deux, lequel sera le centre de son choix? C'est en Hoenn que Rubi réussi à capturer un Celebi, ce Pokémon temporel et si rare. Pendant ce temps, en Rhode, Leo qui avait réussi à sauver le trio félin se retrouve face à un dilemme, Suicune semble avoir été de nouveau transformé, pour le sauver il devra risquer sa vie. Ryuto quant à lui cherche toujours à libérer XD001 de l'emprise obscure, la purification est longue car normalement impossible, Ryuto ne perd pas espoir, il sait qu'il le sauvera. À Sinnoh, Platinum réussi à guérir le cœur de Giratina et empêcher la Team Galaxie de nuire, calmant sa rage, elle se lia avec lui, remerciant l'aide de ses deux amis et du Regigigas de Diamond. En Unys, N, le très célèbre roi de la Team Plasma observe en silence en compagnie de son Zekrom.

Ces héros semble cependant tous attirés en Sinnoh, depuis quelques temps d'étranges événement, des Pokémon changeant, des Pokémon qui avant possédaient une aura sombre semblent devenir plus chaotique que le projet XD001. Le groupe ombre qui avait disparu après les actes héroïques du jeune Ryuto semble remettre ses projets en oeuvre, mais l'avancée technologique de cette organisation semble effrayer la Team Plasma même. La distribution a déjà commencé, peut être même que vous possédez déjà un Pokémon Obscure sans le savoir. Originaire de Kanto, autrefois sous les ordre du grand et riche Giovanni, la Team Rocket a remué ciel et terre en vain pour trouver leur ancien chef. C'est en Sinnoh qu'ils ont rencontrés un mystérieux jeune dresseur, Akihide, celui-ci semblait posséder une force étrange. Personne ne sait encore comment cela a pu arrivé, mais ce mystérieux dresseur fut alors reconnu comme le chef rocket, la seule chose qu'on sache de lui, c'est qu'on ne le voit qu'en présence d'un Suicune à l'étrange pelage et comportement obscure. La troisième Team à ce joindre à notre belle région qu'est Sinnoh est la team Plasma, dirigé par le Roi N et les 7 sages. On ignore parfaitement la raison de leur déplacement, certains pensent que les Pokémon obscures en serait la cause.

Qui serez-vous, vous qui mettez les pieds en Sinnoh? Ferez-vous vous parti d'une des trois organisations dites criminelles? Serez-vous un simple aventuriers en quête des badges, des rubans ou des élevages? Serez-vous un fan de laboratoire ou de combat? Ou bien même, graverez-vous la puissance et deviendrez-vous un Pokémon? C'est à vous de choisir!